เครื่องหมายมหาวิทยาลัยพายัพ เป็นรูปวงกลม ตรงกลางประกอบด้วยวงกลมเล็กสี่วง ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของ มนุษย์ วิทยา ศิลป์ และศาสนา ด้านบนวงกลมมีข้อความว่า "มหาวิทยาลัยพายัพ" ด้านล่างมีข้อความว่า "สัจจะ - บริการ" หรือภาษาอังกฤษ "PAYAP UNIVERSITY" และ "TRUTH - SERVICE" อันเป็น ปณิธานของมหาวิทยาลัย

 

     ดอกไม้ประจำมหาวิทยาลัย คือ ดอกบุนนาค ( Mesua Ferrea Linn ) มีความหมายดังนี้

 

     ดอกบุนนาค
 

           มีสีขาวบริสุทธิ์ ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของ ความสะอาด หมดจด คุณงามความดี

           มีกลิ่นหอม ทำให้เกิดความพึงพอใจ เป็นสัญลักษณ์ของการขจายขจรชื่อเสียง

           มีลักษณะเป็นรูปฉัตร ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของเกียรติศักดิ์อันสูงส่ง คือคุณค่าแห่งชีวิต

     ต้นบุนนาค
 

          มีสรรพคุณทางรักษาโรค เป็นสัญลักษณ์การรักษาความเจ็บปวดทั้งกายและใจซึ่งหมายถึง ความรู้และสัจจะที่บัณฑิต ของ มหาวิทยาลัยพายัพได้รับควรจะเป็นยาที่สามารถรักษาความเจ็บป่วยของสังคม หรือผู้อื่น สามารถที่จะสมานน้ำใจของผู้มีความทุกข์ยาก เป็นต้นไม้ที่เลี้ยงยากที่สุด ต้องทะนุถนอมเป็นอย่างดีจึงจะเจริญเติบโตได้เป็นสัญลักษณ์ของการท้าชวนและท้าทาย